良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。
巴蜀巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆，所倚重的将领只有张令和秦良玉。
但邵捷春不争山夺险，消极防守，让秦良玉在重庆附近三四十里处设防，派遣张令守黄泥洼。
秦良玉乃向已经辞官的绵州知州陆逊之感叹，深刻指出这种布防的弊端，以与邵捷春一同战死为耻。
不久，邵捷春移营至大昌，监军万元吉也屯兵巫山，与秦良玉相互呼应。
十月，张献忠先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江进军，秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击，挫败了贼军的前锋。
万历四十一年，马千乘被太监邱乘云诬告，病死于云阳的监狱，秦良玉代领马千乘的职位。
泰昌元年，后金入侵辽东，朝廷诏令秦良玉出兵援助。
秦良玉派兄长秦邦屏，弟弟秦民屏率领几千人先前往。
朝廷赐秦良玉三品官员的服饰，并任命秦邦屏为都司佥书，秦民屏为守备。
崇祯七年，张献忠攻陷川东重镇夔州，秦良玉率军赶到，张献忠吓得不战而走。
但不久张令战死，秦良玉前去援救没有成功，辗转作战又失败了，部下的三万人几乎全部战死。
秦良玉于是单独求见邵捷春，建议调用自己二万溪峒的士兵用来击破贼军，自己愿出一半粮饷，其余一半需要官府支持。
但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。
当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在巴蜀横行。
有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。
崇祯十三年，张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。
秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级。
秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，惠登相、王光恩投降，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。
杨嗣昌主张驱贼入川的战略，调集巴蜀精锐入楚。
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